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甲胎蛋白高，取决于是生理性的还是病理性的。一般来说，孕妇的甲胎蛋白水平会从怀孕3-4个月开始上升，7-8个月达到高峰，然后下降，但多在300 ug/L以下，此外，性腺胚胎性肿瘤、病毒性肝炎、肝硬化等都会有甲胎蛋白升高，因为肝细胞被破坏再生。一般来说，它们的阈值是20-200ug/L，抗病毒和保肝后一般会降低。原发性肝癌患者甲胎蛋白也会升高，70%的肝癌患者血清甲胎蛋白会升高。在排除妊娠或性腺胚胎性肿瘤的基础上，甲胎蛋白大于400ug/L，是诊断肝细胞癌的条件之一。
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